Yo no veo ningún problema en mencionarlos, de hecho en la práctica docente existen y son importantes a la hora de programar, lo que sí haría es diferenciar explícitamente los que son normativos (que aparecen en la normativa de aplicación) y los que se utilizan para organizar la función docente en la práctica de aula.
Ten en cuenta que las programaciones didácticas no llegan a incluir las UUDD desarrolladas sino que estas constituyen la programación de aula, que es más flexible y permite que cada docente la desarrolle un poco más a su manera (o cada centro en función de los acuerdos que a los que lleguen los equipos docentes).